O Departamento de Química Orgânica - GQO,  foi criado em 1984 pelo desdobramento do extinto Departamento de Química da UFF em cinco departamentos distintos.  À época, o quadro docente do GQO tinha apenas três professores com Doutorado, de um total de dezoito.  Em 1985, tiveram início as contratações por concurso público de professores-doutores, contribuindo assim com o incremento das atividades de pesquisa.  Atualmente dispomos de vinte e dois professores com doutorado, alguns já efetuaram estágios de Pós-Doutorado no Exterior firmando colaborações científicas, dois professores com mestrado e um especialista.

      A consolidação das atividades de pesquisa do GQO tomou lugar a partir de 1988, com a criação do Curso de Especialização em Síntese Orgânica (Lato sensu).  Eram desenvolvidos projetos de pesquisa relativos a sínteses de natureza aplicada de fármacos heterocíclicos da Relação Nacional de Medicamentos Essenciais - RENAME, com dezesseis monografias defendidas.  Em 1990 foi criado o Curso de Mestrado em Química Orgânica - Stricto Sensu, e em 1998, o Programa de Pós-Graduação em Química Orgânica com a implantação do curso de Doutorado.  O Programa de Pós-Graduação em Química Orgânica e o Programa de Pós-Graduação em Química, criado posteriormente, foram unificados em 2008.  Além da atuação no Programa de Pós-Graduação em Química, professores participam do Curso de Pós-Graduação em Ensino de Ciências - Modalidade Química - Lato Sensu, na área de Educação. 

          Na Graduação, o GQO atende aos Cursos de Química Industrial, Química - Licenciatura e Bacharelado, Licenciatura em Química - Noturno (www.uff.br/cursosdequimica), Farmácia, Engenharia Química, Engenharia do Petróleo, Nutrição e Engenharia de Recursos Hídricos e Meio Ambiente.