As aspartil proteases (APs) compreendem uma família de enzimas envolvidas em numerosos processos biológicos, tais como: regulação da pressão arterial, doença amilóide, esporulação de fungos e digestão de hemoglobina pelos parasitos causadores da malária e da esquistossomose. Em geral, as APs de organismos eucarióticos são monoméricas e consistem de uma única cadeia polipeptídica que forma dois domínios semelhantes, com o sítio ativo localizado entre eles. Em todas as APs, este sítio ativo encontra-se como duas seqüências conservadas de Asp-Thr-Gly. Os mecanismos catalíticos atualmente aceitos para APs de eucariotos e algumas evidências experimentais sobre a protonação dos resíduos de aspartato catalítico, baseadas em estruturas de raios-X e estudos de RMN e de difração de nêutrons, estão descritos nesta revisão.