A Baía de Guanabara é caracterizada por uma junção de elementos geomorfológicos, físicos, químicos e ecológicos, além de pela influência humana dos municípios do entorno, que conferem a ela uma complexidade de interações muito ricas e específicas. No entanto, a urbanização desprovida de infraestrutura e saneamento básico tem degradado intensamente a qualidade da água desse ambiente, especialmente em virtude do lançamento de esgotos sem o devido tratamento.
