As unidades da Universidade Federal Fluminense estão localizadas em diversos pontos do Estado do Rio de Janeiro. A sede da UFF encontra-se na cidade de Niterói, onde está a maioria dos campi e das unidades isoladas da universidade:
- Campus do Gragoatá
- Campus da Praia Vermelha
- Campus do Valonguinho
- Escola de Enfermagem
- Faculdade de Direito
- Faculdade de Economia
- Faculdade de Farmácia
- Faculdade de Veterinária
- Instituto de Arte e Comunicação Social
Também estão presentes em Niterói a Reitoria e o Hospital Universitário Antônio Pedro, onde funcionam a Faculdade de Medicina e o Instituto de Saúde da Comunidade.
Universidade Federal Fluminense também possui unidades fora da sede:
- Angra dos Reis
- Niterói
- Rio das Ostras
- Campos dos Goytacazes
- Nova Friburgo
- Santo Antônio de Pádua
- Macaé
- Oriximiná - PA
- Volta Redonda
